Biệt Đội G.I. Joe: Cuộc Chiến Mãng Xà (G.I. Joe: The Rise of Cobra) 2009: Trong tương lai gần, bậc thầy vũ khí James McCullen đã tạo ra một loại vũ khí dựa trên công nghệ nano - các măng nano được thiết kế để nuốt chửng kim loại và các vật liệu khác, có khả năng phá hủy mọi thứ từ xe tăng đến thành phố. Các nanobots chỉ có thể bị dừng lại bằng cách kích hoạt công tắc tiêu diệt. Công ty M.A.R.S. bán 4 đầu đạn cho NATO, và quân đội NATO do các binh sĩ Mỹ Duke và Ripcord chỉ huy được yêu cầu giao các đầu đạn. Đoàn xe của họ bị phục kích bởi Nam tước, người mà Duke nhận ra là hôn thê cũ Ana Lewis của anh ta. Duke và Ripcord được Scarlett, Snake Eyes, Breaker và Heavy Duty giải cứu. Họ đưa các đầu đạn đến The Pit, G.I. Trung tâm chỉ huy của Joe ở Ai Cập, và khi đến nơi, gặp người đứng đầu G.I. Đội Joe, Tướng Hawk. Hawk nắm quyền chỉ huy các đầu đạn và bào chữa cho Duke và Ripcord, chỉ để được thuyết phục để họ tham gia vào nhóm của mình, sau khi Duke tiết lộ rằng anh ta biết Nam tước.
McCullen được tiết lộ là đang sử dụng cùng một công nghệ nano để xây dựng một đội quân với sự hỗ trợ của Bác sĩ, lên kế hoạch sử dụng các đầu đạn để gây ra sự hoảng loạn trên toàn thế giới và mang lại một trật tự thế giới mới. Sử dụng một thiết bị theo dõi, McCullen xác định vị trí của G.I. Joe căn cứ và gửi Storm Shadow và Nam tước để lấy các đầu đạn, với sự hỗ trợ từ Zartan.
Sau một cuộc chiến, Storm Shadow và Nam tước lấy các đầu đạn và đưa chúng đến Baron DeCobray, chồng của Nam tước, để anh ta vũ khí hóa trong máy gia tốc hạt của mình; sau khi anh ta miễn cưỡng làm điều này, DeCobray đã bị giết bởi Storm Shadow. Trên đường đến Paris, nhà Joes truy đuổi Nam tước và Bóng tối Bão tố, nhưng không thành công trong việc ngăn họ phóng một trong các tên lửa. Tên lửa bắn trúng tháp Eiffel và giải phóng các nano măng trong đó, phá hủy tháp và một số khu vực xung quanh trước khi Duke nhấn công tắc tiêu diệt. Tuy nhiên, khi làm như vậy, anh ta bị bắt và đưa đến căn cứ của McCullen dưới Bắc Cực, trong khi Joes bị trục xuất khỏi Pháp; đã bị đóng khung vì phá hủy tháp Eiffel.
Joes, thay vì quay trở lại The Pit theo lệnh, xác định vị trí căn cứ bí mật và bay đến đó, khi McCullen tải ba đầu đạn còn lại lên ba tên lửa, nhằm vào Bắc Kinh, Moscow và Washington, DC, ba tên lửa quan trọng nhất thế giới. thủ đô. Anh ta nói rằng anh ta có ý định làm điều này bởi vì bằng cách giết hàng triệu người ở những thành phố này, anh ta sẽ gieo rắc nỗi sợ hãi vào trái tim của mọi người đàn ông, phụ nữ và trẻ em trên hành tinh, sau đó họ sẽ chuyển sang người có quyền lực nhất. thế giới, Tổng thống Hoa Kỳ. Sau khi Snake Eyes hạ gục một tên lửa, Ripcord tiêu diệt hai tên lửa còn lại bằng cách sử dụng M.A.R.S. bị đánh cắp. nguyên mẫu máy bay phản lực Night Raven, trong khi Scarlett, Breaker và Snake Eyes thâm nhập vào căn cứ. Snake Eyes chiến đấu và chiếm ưu thế trước Storm Shadow. Duke biết rằng chủ nhân của McCullen, Doctor thực sự là Rex Lewis, anh trai của Ana, được cho là đã bị giết bởi một cuộc không kích sai trong một nhiệm vụ do Duke chỉ huy (cũng là nguồn gốc của sự xa lánh giữa Duke và Ana). Rex đã gặp Tiến sĩ Mindbender trong boongke và bị công nghệ nanomite dụ dỗ, mất quá nhiều thời gian để lấy dữ liệu và vướng vào vụ đánh bom khiến anh ta bị biến dạng. Sau khi giải thoát cho Duke, Nam tước bị khuất phục, khi Bác sĩ tiết lộ rằng anh ta đã cấy vào cô những chiếc măng-sét nano, thứ đã đặt cô dưới sự kiểm soát của anh ta trong bốn năm qua. Cố gắng giết Duke bằng súng phun lửa, McCullen cuối cùng bị đốt cháy khi Duke bắn vũ khí và khiến nó phát nổ, vì vậy Rex và anh ta chạy trốn đến một tàu thoát hiểm. Duke và Nam tước truy đuổi anh ta trong khi Joes ngã trở lại sau khi Rex kích hoạt chuỗi tự hủy của căn cứ, liên quan đến việc 'thổi bay nắp băng' để tạo ra những khối băng sau đó gần như nghiền nát Joes.
Rex giả định danh tính của Chỉ huy, đã chữa lành khuôn mặt bị bỏng của McCullen bằng nano măng, biến da của anh ta thành một chất giống bạc và đặt tên cho anh ta là "Kẻ hủy diệt", đặt McCullen dưới sự kiểm soát của Chỉ huy. Họ bị bắt bởi G.I. Joe ngay sau đó. Trên tàu sân bay USS Flagg, Nam tước được quản thúc bảo vệ cho đến khi họ có thể loại bỏ các nanô ra khỏi cơ thể cô. Trong khi đó, Zartan, có ngoại hình bị thay đổi bởi các nanô, đã xâm nhập vào Nhà Trắng trong cuộc khủng hoảng tên lửa và giả định danh tính của Tổng thống Hoa Kỳ, do đó hoàn thành một phần kế hoạch thống trị thế giới của McCullen.
